今月初めにMovableType3.2をアップデートしてからのエラーの原因が分かりました。パーマリンクのフォーマットをイレギュラーな形で変えてたのを構文エラーとして注意されてただけでした。
以前のバージョンのMTは初期状態だとパーマリンクが投稿IDによって付加されるというお粗末なものだったので、独自仕様のパーマリンクを設定していた。
http://yagi.tc/archives/年月/日時分.html
そのためにパーマリンク設定で
<$MTEntryDate format=”%Y%m/%d%H%M”$>.html
（こちらを参考）と設定していたのがいけなかったらしい。なるほどこれじゃ構文エラーも出るわ。
MT3.2ではパーマリンクの初期設定も変わり、「設定」→「公開」→「アーカイブ・マッピング」できちんとフォーマット指定をしないとエラーが出るようになってしまった。
出力フォーマットの変更方法はこの辺、出力フォーマットの仕様はこの辺を参考に以下に変更。
%y%m/%d%h%n.html
残る問題は、実行プロセスが変わったのかなんかしらんがカテゴリページと月別ページの一部で、再構成するときに負荷が大きすぎてXREAからプロセスを強制中止されてしまう件。ページを分割するようなプラグインを入れるか、動的生成にしてフォーマットを根本から見直すか。また手間かかんなあ…。
WordPressがあまりにも便利なのでそっちに移行するかもです。