【2012/09/14追記】
この記事はiPhone 4S発売当時の情報です。auのiPhoneはその後多数の改善がされています。
au版iPhone予約しました。au版はソフトバンク版に比べて制限が多くて人柱向きな感じだったので、制限事項や注意点についてまとめました。公式発表資料を基本として、推測や噂を加えていますので間違っているかもしれません。
1.月額料金がソフトバンクより高い
2.旧800MHz帯の電波が使えない
3.通信規格上の最高速度が遅い
4.auはソフトバンクほど電波改善していない
5.通話中は同時に3G通信ができない
6.キャリアメールの使い勝手が悪い
7.標準機能が使用できない
8.SIMフリー版iPhoneでは使用できない
9.帯域制限の方法がソフトバンクと違う
10.契約条件が分かりにくい
auのiPhoneページ
http://www.au.kddi.com/iphone/
1.月額料金がソフトバンクより高い
あちこちで比較されていますが、SBの方が安いです。一括購入の場合、auのプランZシンプル（SBのホワイトプラン相当）だと月額350円高く、au内定額がつかないプランF(IS)シンプルでも200円高いです。ただ、プランが選択できる分電話に使う前提ならソフトバンクより安くできるという話もあります。
ちなみに、私のように3GSで24ヶ月ちょうど契約満了したばかりのユーザが機種変更すべきかMNPすべきかを考えた場合の比較は以下。
（24ヶ月契約満了していない人は、これに違約金と残債分がプラス）
機種変更：
・一律6000円（毎月1000円×6ヶ月）の割引
・月月割が新たにスタート
auへMNP：
・MNP手数料 2100円（SBから請求）
・新規契約事務手数料 2835円
・IS フラットiPhone スタートキャンペーン 10000円キャッシュバック
・ソフトバンクポイントが無効になる
差額は935円（SBトータル-6000円、auトータル-5065円）なので、まあトントンに近いですが、SBが優位なのは変わりませんね。
2.旧800MHz帯の電波が使えない
電波状況はSBよりauが良いはずです。ただし、一般的に言われている（ガラケーの）auの繋がりやすさよりは劣ります。SB版iPhoneが使えるのは2GHz帯、au版iPhoneが使えるのは2GHz帯＋新800MHz帯です。なので基本的には800MHz帯が使える分、SBよりはつながりやすくなります（特に障害物の多いところ）。YouTubeにたくさん上がっている両者iPhone速度比較で、屋内でauが速いのはそのためです。かつてのmovaとか、最近のFOMA(FOMAプラスエリア対応端末)で圏外が少ないのと同じ理屈ですね。
ただし、auはいま絶賛電波移行中で、従来つながりやすかった旧800MHz帯の使用期限を2012年7月24日に控えています。新800MHz対応基地局はまだまだエリア整備中です。auのガラケーは大半が新旧800MHzに対応しているので繋がりにくいということはありませんが、iPhoneは新800MHz基地局が未整備のところでは2GHz帯でしか繋がらないので、必ずしもSBより有利ということではありません。未整備地域は公式発表資料を参照してください。ただ、既に同じ状態にあるHTC EVOで特に繋がりにくかったという話を聞かないので、気にするほどではないでしょう。
新800MHz帯では制限があるのですぐに混雑する！使い物にならない！という意見も多数ありますが、あまり気にする必要はないでしょう。個人的にはおそらくiPhone自体がauの周波数帯に完全対応しているわけではない（アップルの設計思想上、世界各国での発売キャリアで使用している周波数帯の全域までフルサポートするつもりはない）と推測しているので、そもそも800MHzは周波数帯の制限付きでも使えればラッキー程度であってあまり目くじらを立てるものではないと思います。どちらかというと基地局の対応状況の方がよほど心配です。
3.通信規格上の最高速度が遅い
SB：下り最大14.4Mbps(HSDPA)
au：下り最大3.1Mbps(CDMA EV-DO Rev.A)
iPhoneを使用するなら下り1M～2Mも出れば快適だと推測していますので、最大速度はどちらも制限はありません。気になるのは基地局の対応状況です。
au エリアマップ
（おそらく9.2Mbpsエリア表示部分＞iPhone最高速対応エリア＞2.4Mbpsエリア表示部分）
Softbank エリアマップ
（3Gハイスピードとある部分が下り最大14.4Mbpsエリア）
速度が違うので比較しにくいですが、サンプル地域を絞ってぱっと見た感じでは、
「au 9.2Mbpsエリア＞Softbank 3Gハイスピードエリア＞au 2.4Mbpsエリア」
といったところなので、マップからははっきりとどちらが優れているとも言えません。ただ一つ言えるのは、どちらにしてもiPhoneの最高速度をフルに使える地域は限られるということです。なので、あまり通信規格上の最高速度比較は鵜呑みにしない方がよいでしょう。
4.auはソフトバンクほど電波改善していない
今後はソフトバンクの方が電波状況よくなるとかいう噂がありますが、まだまだだと思います。元々SBの電波が繋がらないのは自他共に認めるところです。大々的に電波改善宣言しなくてもドコモやauは元からつながります。このあたりは人によって捉え方がずいぶん違うと思います。
基地局は増やせばいいというものではないので、個人的にはSBの後先考えない電波改善は曲がり角に差し掛かっていると思います。それよりも、スマートフォン施策で完全に出遅れ、迷走を続けているauは投資規模に比べてスマートフォンユーザがまだ少ない状況にあります。そのため基地局の帯域やバックボーンの帯域共に余裕があり、SBのようにパケットの目詰まり、つまり電波が来ているのに通信ができないという状況は少ないものと思われます。急ごしらえの雑居ビルやバラックが狭い場所にこれでもかと建ち並んでいる場所よりは、家がようやく立ち始めた原野の方が使いやすいでしょう。
ちなみに、上記の例えでいくとウィルコムの通信回線やイーモバイルのEMnet接続（標準サービスじゃない方）なんかは原野の限界集落です。何しろユーザ減ってますからね。
5.通話中は同時に3G通信ができない
通信規格上の制限なので仕方ありません。
なお、Wi-Fi通信は同時に使えるのでこの制限は無いです。
iPhoneでダウンロードするサイズがせいぜい限られるので、それほどネックになるものではないかなと思います。
個人的には、電話は一切使うつもりがないので気にしていません。
6.キャリアメールの使い勝手が悪い
「ezweb.ne.jp」メールアドレスを使うにはメールアプリを使う必要があり、設定が面倒です。設定方法は公式サイトに詳しく書かれているので参照してください。
SBではSMS/MMSアプリを使ってキャリアメールの送受信ができますが、auではSMS/MMSアプリからはCメールしか送受信できません。そのためMMSをPC向けにEメールのように送ることはできないようです。
個人的にはキャリアメールを使うつもりがなく、最終的には携帯メールを全部Gmailに集約するつもりなので気にしていません。いつまでも同じキャリアを使うとは限りませんし。
また、メールチェックがフェッチ方式のようで、公式FAQでは最短15分間隔となっています。通常の携帯メールと同じようには使えませんね。おそらく暫定対応だとは思いますが、初めからプッシュができるGmailやExchange Serverを使った方がマシです。
7.標準機能が使用できない
・FaceTime
・iMessage
・ビジュアルボイスメール
・PPTP（要検証）
公式FAQにある通り、FaceTimeとiMessageは近日中にソフトウェアアップデートによる対応予定です。情報はありませんが、Wi-Fi環境では使えるものと思われます。
公式FAQにありませんが、ビジュアルボイスメールは使用できないとの噂が立っています。公式FAQでもどういうわけか通常ボイスメールにしか言及していないので、使用できない可能性が高いです。
また、これは要検証ですがPPTPが使えない可能性があります。
auのほとんどのスマートフォンはプライベートIPが振られているため、PPTPでVPNを張ることができません。（公式発表資料）
IS02などはこの対象から除かれているので同様に特別対応をしてくる可能性がありますが、もしアドレス逼迫対策だとすると激増必至機種のため特別扱いがされないかもしれません。
8.SIMフリー版iPhoneでは使用できない
SIMフリー版iPhoneはGSM/W-CDMA(UMTS)のみの対応となるようです。（参考情報）
ただ、公式発売しているauでわざわざSIMフリー版を契約する必要もないとは思います。
9.帯域制限の方法がソフトバンクと違う
SBは月ごと、auは日ごとの違いがあります。iPhoneの場合は次のような条件になります。
SBの帯域制限（2009年9月29日～）
判定基準：前々月の月間合計パケットが1000万パケット(1.19GB)以上
制限する期間：1ヶ月間
auの帯域制限（2011年8月15日～）
判定基準：直近3日間の合計パケットが300万パケット(366MB)以上
制限する期間：1日間（毎日、直近3日間で再計算）
制限基準も制限期間もauの方が緩いように感じます。SB基準ではうっかり対象になると1ヶ月間は制限されてしまいますが、auでずっと制限がかかりっぱなしということはそう無いでしょう。
「auスマートフォン」にiPhoneが含まれるかどうかは分かりませんが、おそらく同じだと思います。
10.契約条件が分かりにくい
言うまでもないですが、SBのS!ベーシックパックに相当するIS NET(315円)に加入しないと通信ができません。auの公式発表ではことごとくIS NET加入について言及していないのでこれを加えないで料金比較しているのを多数見かけましたが、それでは通信ができません。料金比較についてはトータル金額をシミュレーションしてくれるSBの方が親切ですね。
ただし、塩漬け運用する場合はIS NET解約できるので、実質強制加入のS!ベーシックパックよりは条件が緩いかも知れません。
「IS フラットiPhoneスタートキャンペーン」について見落としがちですが、25ヶ月目以降はキャンペーン適用されないのでパケット定額の480円値引きはなくなります。継続にしろ乗り換えにしろ24ヶ月でスッパリ見切りを付けられるよう考えておいたほうが良いです。
まとめ
なんだかんだ言っていますが、私はこれが初めてのau契約になるのでどれくらい繋がりやすいかは人づてに聞いた話でしかありません。使い始めてしばらく経ったら随時検証したいと思います。
auは後発ということでノウハウを蓄積したSBよりは詰めの甘い部分が多いです。発売までにろくな情報公開をしていないところからも社内の対応方針が混乱していることが推測されます。これらを理解した上でau版iPhoneを契約する場合は転んでも泣かない覚悟で赴きましょう。途中の契約条件変更やキャンペーン終了、対応予定の延期など平気てやらかす可能性があるので、追加で数千円のチップぐらいはずんでやる寛容な気持ちを持っておいた方がよいです。
間違いがあれば指摘ください。
参考情報
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